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《管理办法》在已有工作基础上，在四个方面进行拓展和创新：
一是拓展范围，在原先监管的工业排污口、城镇污水处理厂排污口基础上，增加了农业排口与其他排口，基本涵盖所有常见排污口类型，实现了全覆盖。
二是压实责任，《管理办法》规定入河排污口应逐一明确责任主体，并明晰责任。
三是新老衔接，建立并动态更新入河排污口管理台账，将入河排污口排查整治情况纳入台账，一并实施日常监管。
四是简政放权，《管理办法》简化审批流程，建设信息平台，实行一网通办，进一步便民惠企，释放改革红利。
所有直接或者通过管道、沟、渠等排污通道向江河、湖泊、运河、水库等水体排放污水的口门，其设置审批、登记以及相关监督管理活动均适用《管理办法》。
国务院生态环境主管部门所属流域生态环境监督管理机构按照《管理办法》规定，承办授权范围内入河排污口设置审批和监督管理，地方生态环境主管部门按照规定的分级审批权限，负责本行政区域入河排污口设置审批、登记和监督管理。
《管理办法》分为四章，共四十条。
第一章“总则”共十条，规定了适用范围、入河排污口分类、源头防控等内容，明确了入河排污口监督管理的总体要求。
第二章“设置管理”共十三条，明确了入河排污口审批、登记管理范围，审批权限，审批程序，禁止设置、严格控制设置入河排污口的具体情形，以及同意设置、变更、注销等方面的要求。
第三章“监督检查”共十二条，明确了入河排污口信息化管理、监测监管、现场检查、规范化建设、公众监督等具体要求，以及违法设置入河排污口等行为的处罚规定。
第四章“附则”共五条，主要规定了文书格式、保密要求、施行时间等内容，同时明确了《管理办法》施行前后设置审批决定的衔接要求。
《管理办法》规定，工矿企业排污口、工业以及其他各类园区污水处理厂排污口、城镇污水处理厂排污口的设置实行审批管理；其他的入河排污口，应当在设置前提交入河排污口登记表。
考虑到排污量大小和对环境影响的差异等，《管理办法》同时规定，有下列情形之一的，申请设置入河排污口时，应当提交入河排污口设置论证报告：
一是责任主体属于造纸、焦化、氮肥、化工、印染、农副食品加工、制革、电镀、冶金、有色金属、原料药制造、农药等行业的；
二是排放放射性物质、重金属以及其他有毒有害水污染物的；
三是污水或者污染物排放量达到国务院生态环境主管部门确定的规模标准的。上述情形以外的入河排污口设置申请，应当提交入河排污口设置简要分析材料。
针对多个排污单位共用同一入河排污口的情形，《管理办法》规定，入河排污口设置论证报告和简要分析材料中还应当明确每个责任主体的入河排污口污水排放量，入河排污口重点污染物排放种类、排放浓度和排放量，并区分各自责任。
